Став властителем Азии, Александр изменился. Он перестал смотреть на персов как на покорённый народ и стал стремиться уравнять победителей с побеждёнными и соединить их в единую монархию. Принятые Александром меры вначале касались внешних форм вроде восточных одежд, гарема, персидских придворных церемоний, которые, впрочем, он не требовал соблюдать от македонян. Александр хотел жить с персами так, как их прежние цари. Первые жалобы на него появились к осени 330 до н. э. Боевые соратники, привыкшие к простоте нравов и дружеским отношениям между царём и подданными, глухо роптали, отказываясь принять восточные понятия. Ближайшие друзья и придворные льстецы без колебаний последовали за Александром.
Македонская армия утомилась от длительного похода, солдаты хотели вернуться домой и не разделяли целей своего царя стать господином всего мира. В конце 330 до н. э. был раскрыт заговор против Александра нескольких простых солдат (известно лишь о 2 участниках). Однако последствия неудачного заговора оказались более чем серьёзны из-за межклановой борьбы внутри окружения Александра. Один из ведущих полководцев, командир гетайров Филота был обвинён в пассивном соучастии (знал, но не донёс). Даже под пытками Филота не признался в злом умысле, но был казнён по решению суда и настоянию других военачальников. Отец Филоты, полководец Парменион, был убит без суда и какого-либо доказательства вины из-за возросшей подозрительности Александра. Менее значимые офицеры, на которых также падало подозрение, были оправданы.
Этот заговор не был последним. Летом 327 до н. э. был раскрыт «заговор пажей», знатных юношей при македонском царе. Кроме непосредственных виновников казнили и Каллисфена, историка и философа, который один осмеливался возражать царю и открыто критиковать новые придворные порядки. Смерть философа явилась логичным следствием развития деспотизма у Александра. Эта тенденция особенно отчётливо проявилась в смерти Клита Чёрного. Клит, командир царских телохранителей, был убит Александром в результате пьяной ссоры осенью 328 до н. э.
