Блестящие результаты первых экспедиций колоссально подняли престиж Цезаря в Риме; галльские деньги поддерживали этот престиж не менее успешно. Сенатская оппозиция против триумвирата, однако, не дремала, и Помпей в Риме переживал ряд неприятных моментов. В Риме ни он, ни Красс не чувствовали себя на месте; обоим хотелось военной власти. Цезарю, для достижения намеченных целей, необходимо было продолжение полномочий. На основе этих желаний зимой 56—55 гг. состоялось новое соглашение триумвиров, по которому Цезарь получал Галлию ещё на 5 лет, Помпей и Красс — консульство на 55-й год, а затем проконсульства: Помпей — в Испании, Красс — в Сирии. Сирийское проконсульство Красса окончилось его гибелью. Помпей остался в Риме, где после его консульства началась полная анархия, может быть, не без стараний Юлия Цезаря. Анархия достигла таких размеров, что Помпей выбран был на 52 до н. э. консулом без коллегии. Новое возвышение Помпея, смерть жены Помпея, дочери Цезаря (54 до н. э.), ряд интриг его против возраставшего престижа Цезаря неминуемо вели к разрыву между союзниками; но восстание Верцингеторикса на время спасло положение. Серьёзные столкновения начались только в 51 до н. э. Помпей фигурировал при этом в роли, которой он давно уже добивался — в роли главы римского государства, признанного сенатом и народом, соединявшего военную власть с гражданской, сидевшего у ворот Рима, куда к нему собирался сенат (Древний Рим), обладавшего проконсульской властью и распоряжавшегося сильным семилегионным войском в Испании. Если раньше Цезарь был необходим Помпею, то теперь он мог быть для Помпея только помехой, которую нужно было устранить как можно скорее, ввиду того что стремления Цезаря были несовместимы с положением Помпея. Конфликт, лично назревший уже в 56 г, теперь был зрел и политически; инициатива его должна была исходить не от Юлия Цезаря, положение которого было несравненно хуже политически и по отношению к законности, а от Помпея, у которого были в руках все козыри, кроме военных, да и последних было мало только в первые моменты. Помпей поставил дело так, что конфликт между ним и Цезарем оказался не личным их столкновением, а столкновением между революционным проконсулом и сенатом, то есть законным правительством.
Переписка Цицерона служит документальным пробным камнем, показывающим достоверность изложения событий самим Цезарем в его политической брошюре исторического содержания, озаглавленной «De bello civili». Огромное значение имела бы 109-я книга Тита Ливия, если бы она до нас дошла в оригинале а не в извлечениях Флора, Евтропия и Орозия. Основу Ливиева изложения сохранил нам, может быть, Дион Кассий. Много данных находим мы и в кратком очерке офицера времён императора Тиберия, Веллея Патеркула; многое даёт Светоний, кое-что — автор исторической поэмы из времени гражданской войны, современник Нерона, Лукан. Аппиан и Плутарх восходят в изложении гражданской войны, вероятно, к историческому труду Азиния Поллиона.
По соглашению Цезаря и Помпея в Лукке 56 г и последовавшему за ним закону Помпея и Красса 55 г, полномочия Цезаря в Галлии и Иллирике должны были прекратиться в последний день февраля 49 г; при этом определённо указано было, что до 1 марта 50 г речи в сенате о преемнике Цезарю не будет. В 52 г только галльские смуты не дали состояться разрыву между Цезарем и Помпеем, вызванному передачей всей власти в руки Помпея, как единого консула и в то же время проконсула, чем нарушалось равновесие дуумвирата. Как компенсации, Цезарь требовал для себя возможности такого же положения в будущем, то есть соединения консулата и проконсулата или, вернее, немедленной замены прококсулата консулатом. Для этого необходимо было добиться разрешения быть выбранным консулом на 48 г, не вступая в течение 49 г в город, что было бы равносильно отказу от военной власти. Плебисцит 52 г, проведённый в марте месяце всей трибунской коллегией, дал Цезарю просимую привилегию, чему Помпей не противоречил. В этой привилегии содержалось, согласно обычаям, и молчаливое продолжение проконсульства до 1 января 48 г. Удача Юлия Цезаря в борьбе с Верцингеториксом заставила правительство пожалеть о сделанной уступке — и в том же году проведён был ряд боевых законов, направленных против Цезаря. Помпею продолжена была его власть в Испании до 45 г; для устранения возможности Цезарю после консулата возобновить немедленно проконсулат, был проведён закон, запрещавший отправление в провинцию ранее чем через 5 лет после сложения магистратуры; наконец, прямо в отмену только что данной привилегии подтверждено было постановление, запрещавшее добиваться магистратур, не находясь в Риме. К проведённому уже закону, вопреки всякой законности, Помпей присоединил, однако, клаузулу, подтверждавшую привилегию Цезаря. В 51 г счастливое окончание галльских войн дало Цезарю возможность вновь деятельно выступить в Риме. Он просил у сената, добиваясь от него формального признания привилегии, продолжения проконсулата хотя бы в части провинции до 1 января 48 г. Сенат отказал, и этим поставлен был на очередь вопрос о назначении преемника Юлию Цезарю. Законным, однако, было разбирательство этого дела только после 1 марта 50 г; до этого времени всякая интерцессия дружественных Цезарю трибунов и формально была совершенно основательной. Цезарь добивался лично уладить свои отношения с Помпеем; крайние в сенате не желали этого допустить; средние искали выхода, находя его в том, чтобы Помпей встал во главе войска, назначенного для Парфянской войны, настоятельно необходимой ввиду поражения и смерти Красса. Сам Помпей тяжёло болел и большую часть времени проводил вдали от Рима. В 50 г дело должно было принять более острый оборот, тем более что Цезарь нашёл себе гениального в политической интриге агента — Куриона, избранного на этот год трибуном. Из консулов один — Эмилий Павел — был на стороне Цезаря, другой — Г. Марцелл — всецело против него, как руководитель сенатских ультраконсерваторов. Целью Куриона было поссорить сенат и Помпея и заставить последнего вновь войти в сношение с Цезарем. Для этого он противился всякому постановлению сената о провинциях и требовал, чтобы законность была восстановлена вполне, то есть чтобы и Помпей, и Цезарь отказались от полномочий. Весной Помпей сильно заболел; во время выздоровления он письменно согласился на условия Куриона и, окончательно оправившись, двинулся к Риму. Его сопровождал сплошной триумф; встречи, молебствия и т. д. давали ему уверенность в том, что вся Италия за него. Несмотря на это, и под Римом он не взял назад данного им согласия. Весьма возможно, что в конце 50 г происходила новая дипломатическая кампания Цезаря, вызывавшая Помпея на соглашение; на Парфию, вероятно, указывалось как на средство примирения. Помпей мог быть там в своей сфере и обновить свои восточные лавры. Показателем мирного настроения Цезаря и возможности соглашения служит то, что Цезарь отдал, по требованию сената, два своих легиона (один — ссуженный ему Помпеем) и отправил их в Италию по направлению к Брундузию. Осенью 50 г. Цезарь появился, наконец, в Северной Италии, где его встретила копия торжеств, оказанных Помпею. В ноябре он был вновь в Галлии, где за политической демонстрацией, только что состоявшейся в Италии, последовала военная, в виде смотра легионам. Год близился к концу, а положение все было крайне неопределённым. Примирение между Цезарем и Помпеем окончательно не удалось; симптомом этого является то, что Цезаревы легионы, отправленные было в ноябре в Брундузий, были задержаны в Капуе и затем ждали событий в Луцерии. В сенате Г. Марцелл энергично добивался того, чтобы Юлия Цезаря объявили незаконно обладающим властью и врагом отечества, на что не было законных оснований. Большинство сената, однако, настроено было мирно; сенат больше всего желал, чтобы Цезарь и Помпей оба сложили свои полномочия. Главным противником Марцелла был Курион. 10 декабря он уже не мог функционировать как трибун: в этот день вступали новые трибуны. Но и теперь Марцеллу не удалось увлечь за собою сенат; тогда он, не желая передать дело в руки новых консулов, в сопровождении нескольких сенаторов, без всяких полномочий, 13 декабря появился в Куманской вилле Помпея и передал ему меч для защиты свободного строя. Помпей, решившийся на войну, пользуется случаем и отправляется к легионам в Луцерию. Акт 13 декабря Цезарь совершенно правильно считает началом смуты — initium tumultus — со стороны Помпея. Действия Помпея были незаконны и были немедленно (21 декабря) провозглашены таковыми в речи Антония, одного из легатов Юлия Цезаря и трибунов этого года. Курион лично известил о случившемся Цезаря, находившегося в то время в Равенне. Положение оставалось неопределённым, но в руках Помпея было два превосходных легиона, он заручился поддержкой одного из самых близких Цезарю людей — Т. Лабиена; Цезарь же имел в Италии только один легион ветеранов и должен был, в случае наступления, действовать во враждебно ему настроенной — так, по крайней мере, казалось Помпею — стране. Впрочем, уже теперь вероятно Помпей имел в виду окончательные счёты свести не в Италии, а в провинциях. Для Цезаря важнее всего было выиграть время; предлог для начала военных действий был уже в его руках, но сил для войны было мало. Во всяком случае, ему было выгодно, чтобы начало действий было для его врагов неожиданностью. Курион предъявил 1 января в сенате ультиматум Цезаря. Цезарь объявлял о своей готовности сложить власть, но вместе с Помпеем, и грозил иначе войной. Угрозы вызвали открытое противодействие сената: Помпей не должен слагать власти, Цезарь должен сложить её до июля 49 г; и то, и другое было, впрочем, вполне законно. Против сенатусконсульта протестовали трибуны М. Антоний и Кассий. После этого, однако, продолжались рассуждения о том, как бы найти modus vivendi без войны. Того же желал и Цезарь. До 7 января в Риме были получены его новые, более мягкие условия. Помпей должен был отправиться в Испанию; для себя Цезарь просил продолжения власти до 1 января 48 г, хотя бы только в Италии, с войском всего в 2 легиона. Цицерон, появившийся 5 января под стенами Рима после возвращения из своего киликийского проконсульства, добился дальнейшей уступки: только Иллирию и 1 легион требовал Цезарь. Помпей, однако, и на эти условия не пошёл. 7 января собрался сенат и употребил все старания, чтобы трибуны взяли назад интерцессию 1 января. Антоний и Кассий были непоколебимы. Консул потребовал тогда их удаления из сената. После горячего протеста Антония Кассий, Целий Руф и Курион покинули сенат и в одежде рабов, тайком, в наёмной телеге, бежали к Цезарю. После удаления трибунов консулам даны были сенатом экстраординарные полномочия, с целью предотвратить смуту. В дальнейшем собрании вне стен города, в присутствии Помпея и Цицерона, вотирован был decretum tumultus, то есть Италия объявлена на военном положении; распределены были провинции, ассигнованы деньги. Главнокомандующим фактически был Помпей, по имени — четыре проконсула. Все дело было теперь в том, как отнесётся к этому Цезарь, запугают ли его грандиозные приготовления к войне с ним.
Известие о действиях сената Цезарь получил от беглецов-трибунов 10 января. В его распоряжении было около 5000 человек легионных солдат. Половина этих сил стояла на южной границе провинции, у реки Рубикон. Действовать надо было как можно скорее, чтобы захватить сенат врасплох, пока ещё не пришло официальное известие о проведённых, наконец, законным образом требованиях сената от 1 января. День 10-го Цезарь тайно от всех посвящает нужным распоряжениям, ночью — опять-таки тайно — с несколькими близкими бросается к войску, переходит границу своей провинции — Рубикон — и захватывает Аримин, ключ Италии. В то же время Антоний с другой частью войска идёт на Арреций, который так же захватывает неожиданным натиском. В Аримине застают Цезаря за набором новых войск послы сената. Цезарь отвечает им, что хочет мира, и обещает очистить провинцию к 1 июля, лишь бы за ним осталась Иллирия, а Помпей удалился бы в Испанию. Вместе с тем Цезарь настойчиво требует свидания с Помпеем. Между тем в Риме распространяются ужасные слухи. Сенат, по возвращении послов, вынудив у Помпея согласие, отправляет их вновь к Цезарю. Свидания с Помпеем не должно быть (соглашения между ними сенат допустить не мог); Цезарю обещаны триумф и консульство, но прежде всего он должен очистить занятые города, уйти в свою провинцию и распустить войско. Между тем Цезарем заняты были 14 и 15 января Анкона и Пизавр. Надежды сената и Помпея на то, что Цезарь даст им время подготовиться, рухнули. Помпею, с его новобранцами и двумя Цезаревыми легионами, трудно было перейти в наступление, трудно было и поставить все на карту, защищая Рим. Ввиду этого, не дожидаясь возвращения посольства, Помпей покидает Рим 17 января со всем почти сенатом, запечатав казну, в страшной спешке. Главной квартирой Помпея становится отныне Капуя. Отсюда он думал, взяв легионы в Луцерии, захватить Пицен и организовать там защиту. Но уже 27—28 января Пицен, с его главным пунктом Авксимом, очутился в руках Цезаря. Гарнизоны занятых городов переходили к Цезарю; его войско росло, дух подымался. Помпей окончательно решил бросить Италию и организовать сопротивление на Востоке, где он мог командовать единолично, где меньше было помехи от всяческих коллег и советников; сенаторам же не хотелось покидать Италию. Казну они оставили в Риме, рассчитывая на возвращение, против воли Помпея. Между тем посольство возвратилось от Цезаря ни с чем; на переговоры надежды больше не было. Надо было вынудить Помпея к защите Италии. Домиций Агенобарб с 30 когортами запирается в Корфинии и зовёт Помпея на выручку. За выручку сенат обещает потребованную Помпеем казну. Но Помпей пользуется временем, пока Ю. Цезарь осаждает Домиция, чтобы сосредоточить силы в Брундузии и организовать переправу. В середине февраля Корфиний взят; Ю. Цезарь спешит к Брундузию, где все готово к защите. 9 марта начинается осада; 17-го Помпей ловким манёвром отвлекает внимание противника, сажает войско на корабли и покидает Италию. С этого момента борьба переносится в провинции. За это время цезарианцы успели занять Рим и установить там некоторое подобие правительства. Сам Цезарь появился в Риме только на короткое время в апреле, захватил кассу и сделал кое-какие распоряжения о действиях его легатов во время его отсутствия. В дальнейшем ему представлялось два способа действий: либо преследовать Помпея, либо обратиться против его сил на западе. Он выбрал последнее, очевидно потому, что восточные силы Помпея были ему менее страшны, чем 7 старых легионов в Испании, Катон в Сицилии и Вар в Африке. Облегчало ему действия в Испании и то, что его тыл прикрывала Галлия, а успех в самом начале был особенно важен и дорог. Главную опасность представляла Испания, где командовали три легата Помпея — Афраний, Петрей и Варрон. В Галлии Цезаря задержала Массилия, ставшая на сторону Помпея. Терять время здесь Цезарю не хотелось; он оставил три легиона осаждать город, сам же ускоренно двинулся к реке Sicoris, где его ждал его легат Фабий, стоявший лагерем против укреплённого лагеря помпеянцев у города Илерды. После долгих и утомительных операций Цезарю удалось заставить помпеянцев покинуть свой крепкий лагерь. Быстрым маршем и гениальным обходом он сделал положение отступавшего к Эбро противника настолько трудным, что легатам Помпея пришлось сдаться. Варрону тоже ничего другого не оставалось. Здесь, как и в Италии, Ю. Цезарь не прибегнул к казням и жестокостям, что значительно облегчило возможность капитуляции войск в будущем. На возвратном пути Цезарь застал Массилию совершенно истощённой и принял её капитуляцию. За время его отсутствия Курион вытеснил из Сицилии Катона и успел переправиться в Африку, но здесь, после эфемерных успехов, не выдержал натиска помпеянских войск и мавританского царя Юбы и погиб со всем почти своим войском. Цезарю предстояла теперь трудная задача. Силы Помпея были, правда, слабее, но зато он всецело владел морем и успел основательно организовать интендантскую часть. Большое преимущество давала ему также его сильная конница, союзные контингенты македонцев, фракийцев, фессалийцев и др. Путь сушей в Грецию, где утвердился Помпей, был закрыт; занимавший Иллирию Г. Антоний принуждён был сдаться со своими 15 когортами. Оставалось и здесь надеяться на быстроту и неожиданность действий. Главная квартира Помпея, главные его запасы были в Диррахии; сам он стоял в Фессалонике, его войско — в Перэе. Совершенно неожиданно, 6 ноября 49 г, Цезарь отплыл с 6 легионами из Брундузия, захватил Аполлонию и Орик и двинулся к Диррахию. Помпею удалось предупредить его, и оба войска стали друг против друга у Диррахия. Положение Цезаря было незавидно; малочисленность войска и недостаток провианта давали себя чувствовать. Помпей, однако, со своим не очень надёжным войском на битву не решался. Около весны удалось М. Антонию доставить остальные три легиона, но и это не изменило положения. Боясь прибытия Помпеева резерва из Фессалии, Цезарь послал против него часть своего войска, а с остальными попытался блокировать Помпея. Помпей блокаду прорвал, причём нанёс сильное поражение Цезарю. После этого Цезарю оставалось только снять блокаду и уйти на соединение со своей фессалийской армией. Здесь Помпей нагнал его у Фарсала. Сенатская партия в его лагере настояла на том, чтобы дана была решительная битва. Превосходство сил было на стороне Помпея, но выучка и дух всецело на стороне 30000-й армии Ю. Цезаря. Битва (6 июня 48 г.) кончилась полным поражением Помпея; войско почти целиком сдалось, Помпей бежал в ближайшую гавань, оттуда на Самос и наконец в Египет, где был убит, по приказанию царя. Цезарь преследовал его и появился вслед за его смертью в Египте. С небольшим войском он вступил в Александрию и вмешался во внутренние дела Египта. Египет нужен был ему как богатейшая страна и привлекал его своей сложной и искусной административной организацией. Задержала его и связь с Клеопатрой, сестрой и женой молодого Птолемея, сына Птолемея Авлета. Первым актом Цезаря было водворить во дворце прогнанную мужем Клеопатру. Вообще он распоряжался в Александрии как полновластный хозяин, как монарх. Это, в связи со слабостью Цезарева войска, подняло в Александрии на ноги все население; одновременно от Пелузия подступило к Александрии египетское войско, провозгласившее царицей Арсиною. Цезарь заперт был во дворце. Попытка путём захвата маяка найти выход в море не удалась, задобрить восставших отсылкой Птолемея — тоже. Выручило Цезаря прибытие подкреплений из Азии. В сражении близ Нила войско Египта было разбито, и Цезарь стал хозяином страны (27 марта 47 г.). Поздно весной Цезарь покинул Египет, оставив царицей Клеопатру и её мужем младшего Птолемея (старший был убит в битве при Ниле). 9 месяцев пробыл Цезарь в Египте; Александрия — последняя эллинистическая столица — и двор Клеопатры дали ему немало впечатлений и много опыта. Несмотря на настоятельные дела в Малой Азии и на Западе, Цезарь из Египта отправляется в Сирию, где, как преемник Селевкидов, восстановляет их дворец в Дафне и вообще ведёт себя как хозяин и монарх. В июле он покинул Сирию, быстро справился с восставшим понтийским царём Фарнаком и поспешил в Рим, где его присутствие было настоятельно необходимо. После смерти Помпея его партия и партия сената далеко не были сломлены. Немало было помпеянцев, как их называли, в Италии; опаснее были они в провинциях, особенно в Иллирике, Испании и Африке. Цезаревым легатам с трудом удалось подчинить Иллирик, где долго не без успеха вёл сопротивление М. Октавий. В Испании настроение войска было явно помпеянское; в Африке собрались все видные члены сенатской партии, с сильным войском. Здесь были и Метелл Сципион, главнокомандующий, и сыновья Помпея, Гней и Секст, и Катон, и Т. Лабиен, и др. Поддерживал их мавританский царь Юба. В Италии во главе помпеянцев стал прежний сторонник и агент Ю. Цезаря, Целий Руф. В союзе с Милоном он затеял революцию на экономической почве; пользуясь своей магистратурой (претурой), он объявил отсрочку всех долгов на 6 лет; когда консул отрешил его от магистратуры, он поднял на юге знамя восстания и погиб в борьбе с правительственными войсками. В 47 г. Рим был без магистратов; хозяйничал в нём М. Антоний, как magister equitum диктатора Юлия Цезаря; смуты возникли благодаря трибунам Л. Требеллию и Корнелию Долабелле на той же экономической почве, но без помпеянской подкладки. Опасны были, однако, не трибуны, а Цезарево войско, которое должно было быть отправлено в Африку для борьбы с помпеянцами. Долгое отсутствие Ю. Цезаря ослабило дисциплину; войско отказалось повиноваться. В сентябре 47 г. Цезарь вновь появился в Риме. С трудом удалось ему успокоить солдат, двигавшихся уже на Рим. Быстро покончив с необходимейшими делами, зимой того же года Цезарь переправляется в Африку. Подробности этой его экспедиции известны плохо; специальная монография об этой войне одного из его офицеров страдает неясностями и пристрастием. И здесь, как и в Греции, преимущество первоначально было не на его стороне. После долгого сиденья на берегу моря в ожидании подкреплений и утомительного похода внутрь страны Цезарю удаётся наконец вынудить битву у Тацса, в которой помпеянцы были разбиты наголову (6 апреля 46 г.). Большая часть видных помпеянцев погибли в Африке; остальные спаслись в Испанию, где войско встало на их сторону. В то же время началось брожение в Сирии, где значительный успех имел Цецилий Басс, захвативший в свои руки почти всю провинцию. 28 июля 46 г. Цезарь вернулся из Африки в Рим, но пробыл там только несколько месяцев. Уже в декабре он был в Испании, где его встретила крупная вражеская сила, предводительствуемая Помпеями, Лабиеном, Атием Варом и др. Решительная битва, после утомительного похода, дана была близ Мунды (17 марта 45 г.). Битва едва не кончилась поражением Цезаря; его жизнь, как ещё недавно в Александрии, была в опасности. Со страшными усилиями победа была вырвана у врагов, и войско помпеянцев в значительной части перерезано. Из руководителей партии в живых остался один Секст Помпей. По возвращении в Рим Цезарь рядом с реорганизацией государства готовился к походу на Восток, но 15 марта 44 г погиб от руки заговорщиков. Причины этого могут быть выяснены только после разбора той реформы государственного строя, которая начата и проведена была Цезарем в короткие периоды его мирной деятельности.